Bien que restaurée depuis l’époque de sainte Germaine, c’est dans cette église que Germaine Cousin assistait tous les jours à la messe et que son corps intact fut retrouvé en 1644. Ses reliques y sont conservées dans une châsse.
L’église date du XIIIe siècle. Habillée de briques roses elle avoisine le château et vue de l’extérieur, elle est remarquable par son clocher-mur.
En 1854, année de la béatification de Germaine Cousin, une chapelle attenante à l’église est élevée à la gloire de la Sainte : c’est dans cette chapelle que se trouve la châsse contenant les reliques de la sainte. À la même période, un magasin est annexé à l’ensemble pour l’accueil des pèlerins.
Le clocher de l’église de Pibrac est un clocher fortifié datant du XIIIe siècle dont le caractère défensif révèle l’époque troublée pendant laquelle les architectes songeaient à défendre les églises. En cas de danger, les habitants venaient chercher un refuge dans l’église quand ils ne se sentaient plus en sûreté dans le fort.
La petite tour carrée qui se trouve à gauche du clocher est une échauguette construite pour abriter le guetteur. La galerie qui conduit à la tour ronde est une courtine, autrefois crénelée, dont les mâchicoulis défendaient la porte d’entrée. La tour ronde qui est à droite contient l’escalier à vis qui permet de monter au clocher.
Le clocher-mur, comme on en voit souvent dans la région de Toulouse a cinq ouvertures et cinq belles cloches, à l’arrière un clocher « provisoire » porte quatre cloches.
